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2006年度（第47回）
第47回 文部科学大臣奨励賞
「レタスの茎の変色のひみつをさぐる」茨城県つくば市立桜南小学校5年 丸山 諒太
第47回 1等賞
「ふじみの植物えだまめ ミラクルパワー大発見！」千葉県千葉市立星久喜小学校3年 小倉 永里
第47回 2等賞
「メダカ なぜいない？」長野県佐久市立岩村田小学校6年 上原 元 他30名
第47回 3等賞
「めざせ、最強の空気砲！ パート４空気砲ＶＳ空気砲」茨城県つくば市立桜南小学校6年 服部 篤彦
第47回 秋山仁特別賞
「目もり式体重計のしくみについての研究」島根県江津市立津宮小学校4年 大畑 佳介
第47回 オリンパス特別賞
「マツの気孔観察 -汚染度調査方法と気孔数増加の謎を探る-」宮崎県宮崎大学教育文化学部附属小学校4年 竹之前 槙太郎
第47回 継続研究奨励賞
「ザリガニ生態大研究 2002-2006」埼玉県杉戸町立杉戸小学校6年 武井 美賢
第47回 佳作
「水と物質の穴で起きる事」東京都新宿区立落合第三小学校6年 川村 英彰
第47回 佳作
「クロアゲハのよう虫はどうやって大きくなるのかな？」茨城県常総市立豊岡小学校3年 中林 佳夏子
第47回 佳作
「「もしも-し!」 -糸電話 音の伝わり方の秘密-」岐阜県池田町立八幡小学校6年 林 誉将